Nach seinem Studium der Geschichte und Geographie an der Ludwig-Maximilians-Universität (LMU) und der Technischen Universität (TU) München mit den Schwerpunkten Neuere und Neueste Geschichte, Bayerische Landesgeschichte und Kulturgeographie, das er 1997 mit der Promotion abschloss, war er zunächst an der Bayerischen Akademie der Wissenschaften tätig. Im Jahr 2000 wechselte er an die Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg, wo er sich 2008 in den Fächern Bayerische Landesgeschichte, Mittlere und Neuere Geschichte habilitierte. Weber hat sich bei seiner Arbeit besonders der vergleichenden Betrachtung historischer Räume verschrieben, der eine zentrale Rolle bei der Ausbildung künftiger Pädagogen zukommt. Als Privatdozent am Lehrstuhl für Bayerische und Fränkische Landesgeschichte an der Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg behandelt er dabei die Nachbarregionen von Ostpreußen über Böhmen und Mähren bis in den mittelosteuropäischen Raum.

Den Blick der Gesellschaft auf die viele Jahrhunderte alte Geschichte und Kultur der Deutschen in Ost- und Südosteuropa zu lenken und das Wissen um die Leistungen deutscher Heimatvertriebener und Spätaussiedler in der gesamten Bevölkerung lebendig zu erhalten, hält er für seine vorrangigen Aufgaben. Dabei hat er besonders die jungen Erwachsenen im Blick, die in fünf bis zehn Jahren die nachfolgenden Generationen unterrichten werden. Denn durch konkretes Wissen über die jeweils eigene Herkunft kann man sich als Mensch eine persönliche Identität bilden und so einen Standort zwischen Geschichte und Zukunft finden. Für die Arbeit des HDO bedeutet dies, in der Zukunft noch mehr die Arbeit mit Jugendlichen und jungen Erwachsenen zu intensivieren und dabei nicht nur mit Schülerinnen und Schülern zu arbeiten, sondern ganz gezielt an den bayerischen Universitäten die künftigen Multiplikatoren einzubeziehen.

Die Beschäftigung des neuen HDO-Direktors mit der bayerisch-böhmischen Geschichte begann schon während seines Studiums. So zählte Professor Friedrich Prinz, der aus Böhmen stammte, zu seinen wichtigsten akademischen Lehrern. Auch die Arbeit Professor Walter Zieglers vom Institut für Bayerische Geschichte, einem Sudetendeutschen aus Reichenberg, über die Zeitgeschichte Bayerns im 20. Jahrhundert, den Nationalsozialismus und die Vertreibung prägten sein eigenes Geschichtsbild.

Schließlich prädestinierten Dr. Andreas Otto Weber auch die eigenen familiären Bezüge nach Pommern und Schlesien für die Leitung des Hauses des Deutschen Ostens, dieser Einrichtung des Freistaats Bayern, die seit 1970 Kultur-, Begegnungs- und Bildungsstätte für alle Heimatvertriebenen, Aussiedler und Spätaussiedler in Bayern ist. Auch für alle übrigen bayerischen Bürgerinnen und Bürger, die sich über die Geschichte und Kultur der Deutschen aus dem Osten Europas informieren wollen, versteht sich das HDO als Anlaufstelle.