Das Siebenbürgen-Institut befasst sich wissenschaftlich mit der Geschichte und Kultur dieses an der Grenze zwischen Ostmitteleuropa und Südosteuropa gelegenen Landes sowie mit seinen Nachbarn, vor allem mit dem historischen Ungarn und dem modernen Rumänien. Ein Schwerpunkt liegt auf der Geschichte der Siebenbürger Sachsen in ihrem historischen und pluriethnischen Kontext. Das Siebenbürgen-Institut wurde seit 1955 schrittweise aufgebaut. Seine Bibliothek, heute mit über 65 000 Einheiten die größte einschlägige wissenschaftliche Spezialbibliothek außerhalb Siebenbürgens, ist bereits seit den 1970er Jahren als "Transylvanische Forschungsstelle" über die Universitätsbibliothek Heidelberg in das Heidelberger Bibliothekssystem eingebunden.

Von der Anbindung an die Universität können beide Seiten in vielfältiger Weise profitieren, teilt die Universität Heidelberg mit: Das Seminar für Osteuropäische Geschichte durch die Nutzung der reichhaltigen Bibliotheks- und Archivbestände sowie durch die Erweiterung des Lehrangebots für den Bereich Südosteuropa durch Institutsmitarbeiter, ferner durch die Nutzung der Institutskontakte und der Institutsinfrastruktur zur Einwerbung von Projektmitteln, das Siebenbürgen-Institut vor allem durch die langfristige Einbindung in den Wissenschaftsbetrieb sowie die akademische Beratung der eigenen Arbeit. Neben der Dokumentationstätigkeit besteht diese vor allem in der Durchführung von Forschungsprojekten, der Herausgabe von Publikationen und der Veranstaltung von Tagungen.

Die Anbindung an den Universitätsbetrieb (Forschung und Lehre) ist im Zuge der Professionalisierung der Siebenbürgen-Forschung politisch gewollt und ist eine zukunftssichernde Maßnahme derselben. Für das Siebenbürgen-Institut bedeutet dieser Vorgang eine Anerkennung seiner bisherigen Leistungen und gleichzeitig eine Verpflichtung, auf diesem hohen wissenschaftlichem Niveau weiterzumachen.

Dem von der Universität berufenen ersten Wissenschaftlichen Beirat gehören neben dem Lehrstuhlinhaber für osteuropäische Geschichte, Professor Dr. Heinz-Dietrich Löwe, als wissenschaftlichem Direktor des Instituts, acht weitere Mitglieder an: Prof. Dr. Joachim von Puttkamer (Universität Jena) als Vorsitzender sowie seitens der Universität Heidelberg die Professoren Christoph Markschies (Evang. Theologie), Klaus Mattheier (Germanistik) und Volker Sellin (Geschichte), sodann von außerhalb Dr. Christoph Machat (Rheinisches Amt für Denkmalpflege), Prof. Dr. Paul Niedermaier (Rumänische Akademie und Universität Hermannstadt), Dr. Ulrich A. Wien (Universität Koblenz-Landau) sowie Dr. Krista Zach (Institut für deutsche Kultur und Geschichte Südosteuropas, München).

Das Siebenbürgen-Institut an der Universität Heidelberg wird getragen vom Siebenbürgisch-Sächsischen Kulturrat, der den Verwaltungsrat stellt und seine institutionellen Förderungen von den Ländern Nordrhein-Westfalen und Baden-Württemberg erhält und weitere Projektmittel beim Bund und zahlreichen Stiftungen einwirbt. Die wissenschaftliche Leitung des Siebenbürgen-Institut übernimmt vor Ort Dr. Harald Roth.