Seit Mitte der 1950er Jahre, als der Grundstock zu einer Siebenbürgischen Bibliothek gelegt wurde und das Wirken eines historisch interessierten Arbeitskreises für Siebenbürgische Landeskunde (gegründet 1960) nach außen auszustrahlen begann, hat sich das Institut nach und nach zu dem entwickelt, was es seit 1992 offiziell ist: das „Siebenbürgen-Institut“ als Koordinator von Bibliothek, Archiv und Forschung.

Im Jahr 2003 hat der Siebenbürgisch-Sächsische Kulturrat die Trägerschaft übernommen. Nebst den im Kulturrat zusammengeschlossenen zwölf Vereinen, Stiftungen und Verbänden fördert das Land Baden-Württemberg das Institut institutionell. Ein wichtiger Teil der laufenden Kosten für das Personal und für die Aufrechterhaltung des Betriebes wird aus den Erträgen der Stiftung Siebenbürgische Bibliothek bestritten.

Direktorin des Instituts ist Prof. Dr. Tanja Penter, Inhaberin des Lehrstuhls für Osteuropäische Geschichte der Universität Heidelberg. Ein wissenschaftlicher Leiter und ein Geschäftsführer sollen die Arbeit vor Ort koordinieren. Ein Wissenschaftlicher Beirat, dem Prof. Dr. Joachim von Puttkamer (Universität Jena) vorsteht, und ein Verwaltungsrat, den der Vorsitzende des Siebenbürgisch-Sächsischen Kulturrats leitet, sind für wissenschaftliche bzw. administrative Fragen zuständig. Die enge Vernetzung der siebenbürgisch-sächsischen mit der deutschen Geschichts-, Kulturgeschichts- und Landeskundeforschung wird auf diese Weise realisiert. Das Siebenbürgen-Institut:

• dokumentiert die Geschichte und die kulturellen Bezüge der Sachsen und ihrer Nachbarn in Siebenbürgen sowie die Geschichte Siebenbürgens in der Siebenbürgischen Bibliothek, die mit rund 80 000 bibliographischen Einheiten die größte Transylvanica-Sammlung außerhalb Siebenbürgens und westlich Budapests ist, und in einem Archiv mit etwa 1 500 Regalmetern Materialien (Nachlässe, Pertinenzarchiv, Bild- und Tonarchiv).
• sichert und erschließt einschlägige dokumentarische Belege in Siebenbürgen, Deutschland, Österreich und weltweit;
• betreut Forschungen zur Geschichte der Deutschen Siebenbürgens im Kontext ihrer Nachbarkulturen;
• publiziert und verbreitet die Forschungsergebnisse in vier Buchreihen und zwei wissenschaftlichen Zeitschriften;
• veranstaltet Tagungen und Lehrveranstaltungen zu einschlägigen Themen.